121 años estuvo la imagen en la pequeña capilla, hasta que el tiempo obligó a la construcción de una iglesia que fuera el hogar adecuado del Cristo de San Pedro. En septiembre de 1874 el Excmo. Señor José Joaquín Isaza, obispo de Medellín, da instrucciones expresas
“ ... al Señor Cura, bajo precepto de santa obediencia, que inmediatamente reúna la junta directiva de fábrica...y proceda a nombrar una junta especial, compuesta por el Señor Cura y tres vecinos honrados, para que ella corra con la dirección de la reedificación del templo..."
En ese mismo año de 1874 el hoy venerable padre Mariano de Jesús Euse Hoyos bendijo la primera piedra del nuevo templo, que fue definitivamente la obra de todos los habitantes de San Pedro, sin excepción.
Unidos en convites, todos aportaban según sus capacidades y su entusiasmo. Unos como albañiles, los otros como pintores, aquellos simplemente como asistentes de los maestros. Los niños con sus padres, las mujeres con sus esposos: lo importante era dejar constancia de que aquel ladrillo, esa ventana, eran el aporte de cada uno a la casa de la imagen de aquel Cristo que los escuchaba.
Veinte años duró la construcción. Al presbítero Laureano López de Mesa le correspondió llevar a término la obra, y trasladar el culto al nuevo templo en el año de 1895. Pero aquel Santuario del Señor de los Milagros, como se le llamó, no estaba de ningún modo terminado. En adelante cada párroco quiso dejar tras sus pasos un nuevo detalle que lo embelleciera aún más.
Al Padre Laureano López de Mesa sucedieron otros párrocos, cada uno enamorado de su iglesia. Así, el hermoso viacrucis del templo, con figuras en relieve, es el legado del Padre Pedro Lacroix, quien lo hizo traer desde Francia en el año de 1930. Y la baldosa que hoy cubre los pisos se debe al Padre Jesús María Antolines, quien la colocó para reemplazar el, viejo enladrillado.
En 1896 Don José Milagros Gómez donó el altar, obra de arte gótico en madera para la imagen del Señor de los Milagros, la Inmaculada Concepción de María, San Pedro Apóstol y San José.
En 1940 empezó un tiempo de grandes reformas para el Santuario. Tantas, que detalles fundamentales de su estructura cambiaron por completo. Todo gracias al afán restaurador del Padre Antonio María Peña Tobón, un sanpedreño que quiso darle al templo que vio desde niño una cara nueva.
La cúpula de atrás, antes en reconstruida en material según el modelo de la de San Pedro, en Roma.
El bellísimo altar tomó su aspecto actual cuando el arco toral fue levantado. Los cielo rasos en madera se cambiaron por planchas de cemento, y los ingeniosos adornos y cariátides que adornan hoy los muros surgieron luego de que se desmontaron las tribunas.
Las columnas, antes redondas, se hicieron estriadas, y sus capiteles se elaboraron en el más puro arte dórico, en contrapunto con el estilo románico de la mayor parte de la construcción. El arquitecto Albano Germanetti fue el encargado de elaborar los planos y proyectos generales, y atender a la remodelación.
EI último aporte del Padre Peña lo hizo en 1945, cuando encargó al maestro catalán José Claró la elaboración de los lienzos que decoran el cielo raso de la nave central. Allí, hermosas pinturas re-presentan paisajes de la vida de ese Cristo generoso que responde a quienes le hablan con fe.
En 1954 llegó a San Pedro el párroco el Padre Roberto Arroyave Vélez. A él se deben los hermosos vitrales que dan una luz especial al interior del templo. El artista español Juan Arco los elaboró en 1961, y en la parte baja de cada uno consignó el nombre de las veredas y familias que los donaron como un voto de cariño para la milagrosa imagen.
